Санкт-Петербургский государственный химико-фармацевтический университет появился благодаря усилиям классика мировой химической науки, профессора Д.И.Менделеева. В 1902 году под его председательством в Санкт-Петербурге состоялся первый съезд по проблемам научной фармации в Российской Империи. Дмитрий Иванович выступил на нём с докладом, в котором сделал важный вывод, что со времен петровских реформ национальная фармация успешно превратилась из ботанической в химическую науку. Он считал, что фармацевт занимается исследованием и анализом продуктов, которые получает со всего света, и работа эта требует большой научной подготовки. Так Д. И. Менделеев обосновал необходимость введения высшего образования для фармацевтов. На таких же позициях стояли и другие великие русские ученые И. П. Павлов, В. М. Бехтерев и В. И. Вернадский. Учредительное заседание временного совета Петроградского химико-фармацевтического института состоялось 12 августа 1919 года. Тогда же были утверждены основные кафедры и первый устав института. В том составе институтского совета состояли выдающиеся учёные, академики В. Л. Комаров, Л. А. Орбели, Г. А. Надсон. Известный сторонник высшего образования для фармацевтов профессор А. С. Гинзберг стал первым директором института. Официальной датой открытия ВУЗа стало 22-ое октября 1919 года. 

8 сентября 1924 г. институт был реорганизован в химико-фармацевтический факультет Ленинградского государственного университета. А 9 октября 1925 г. постановлением СНК РСФСР факультет был передан 1-му Ленинградскому медицинскому институту. 1 января 1937 г. в соответствии с Постановлением СНК СССР факультет выделен в самостоятельный Ленинградский фармацевтический институт. 

В 1945 г. при ЛФИ организуется химико-технологический факультет. В 1949 г. институту присвоено наименование "Ленинградский химико-фармацевтический институт", он специализирован как высшее учебное заведение для подготовки инженеров-химиков-технологов и инженеров-микробиологов для химико-фармацевтических заводов и заводов по производству антибиотиков. 

В 1952 г. в институте организован отдел научно-исследовательских работ (ОНИР) для выполнения хоздоговорных научно-исследовательских работ. С сентября 1957 г. в составе института имеется научно-исследовательская лаборатория лекарственных препаратов (НИЛ). В 1958 г. открыто заочное отделение подготовки провизоров при фармацевтическом факультете. 

В 1960 г. в институте организован факультет усовершенствования провизоров и инженерно-технических работников медицинской промышленности. 

С января 1965 г. институту предоставлено право принимать к защите докторские диссертации, присуждать ученую степень доктора фармацевтических, биологических, химических наук. В 1990 г. ЛХФИ переименован в СПХФИ. А 24 апреля 1996 г. приказом Министерства здравоохранения и медицинской промышленности РФ СПХФИ переименован в СПХФА (Санкт-Петербургскую государственную химико-фармацевтическую академию).

Со 2 марта 2018 года, в преддверие 100-летнего юбилея,Министерством здравоохранения Российской Федерации академии был присвоен статус университета.

В разное время в университете трудились крупнейшие российские ученые А. Е. Ферсман, С. И. Златогоров, Ю. А. Филипченко, Б. И. Словцов, А. А. Владимиров, Л. М. Горовиц-Власова, Ю. С. Залькинд, С. В. Аничков, В. М. Карасик, В. Н. Любименко, А. А. Лихачев, Г. В. Шор, Н. М. Книпович, М. А. Ракузин, Н. Н. Ефремов, И. А. Обергард, А. Ф. Гаммерман, В. П. Ильинский, А. А. Гринберг, Ф. А. Сацыперов, П. Н. Кашкин, Г. Я. Коган, И. А. Муравьев, А. М. Халецкий, И. Ф. Сукневич, Д. А. Зильбер, П. А. Якимов, Н. П. Елинов.

С 1949 года университет подготовил специалистов более чем для 30 государств мира (без учета бывших республик СССР). Выпускники университета успешно трудятся во многих странах Европы, Азии, Африки и Латинской Америки.